MCP server for querying aptamer database with 12,000+ records. Cloud-based data loading from AptaNexus.
npm install aptamer-mcp-server为 Claude Desktop 提供 MCP (Model Context Protocol) 工具，查询 11,735+ 条 aptamer 记录。数据从云端自动加载，无需本地存储。
无需下载代码！ 直接使用 npx 运行：
在 Claude Desktop 配置文件中添加：
``json`
{
"mcpServers": {
"aptamer-db": {
"command": "npx",
"args": ["-y", "aptamer-mcp-server"]
}
}
}
完成！重启 Claude Desktop 即可使用。数据将自动从官方源加载。
MCP 服务器提供以下工具：
- search_by_target - 按目标分子名称搜索 aptamers（支持中文，如"乳酸"）get_by_doi
- - 通过 DOI 获取文献的 aptamerslist_targets
- - 列出所有目标分子及其 aptamer 数量get_by_external_id
- - 通过外部 ID（如 Aptagen ID）查询top_by_pkd
- - 获取特定目标的最高亲和力 aptamers
如果你想从源码运行或修改代码：
1. 克隆仓库并安装依赖：
`bash`
git clone https://github.com/Aresfangxx/Aptamer-Database.git
cd Aptamer-Database/mcp-server
npm install
npm run build
2. 启动 stdio MCP：npm run start
3. 可选 HTTP 调试：npm run http（默认端口 3333）
MCP 服务器从在线 URL 加载数据：
不设置环境变量时，自动从官方网站加载：
`
https://www.aptanexus.com/APTAMERS.jsonl
如果你部署了自己的数据副本，可以指定自定义 URL：
`json`
{
"mcpServers": {
"aptamer-db": {
"command": "npx",
"args": ["-y", "aptamer-mcp-server"],
"env": {
"APTAMERS_URL": "https://your-custom-deployment.com/APTAMERS.jsonl"
}
}
}
}
`
{"id":1,"method":"aptamers.search_by_target","params":{"query":"乳酸","limit":20}}
{"id":2,"method":"aptamers.get_by_doi","params":{"doi":"10.1007/s00216-015-9179-z"}}
{"id":3,"method":"aptamers.list_targets","params":{"query":"lac"}}
{"id":4,"method":"aptamers.top_by_pkd","params":{"query":"thrombin","top":3}}
- ✅ 零配置: 无需指定数据源，自动从云端加载
- ✅ 无需本地存储: 数据文件在云端（11,735 条记录）
- ✅ 自动更新: 数据更新时无需重新安装
- ✅ 网络优化: 60 秒超时 + 自动重试 3 次
- ✅ 稳定可靠: 部署在 Vercel CDN，全球加速
启动 HTTP 服务器用于测试：
`bash`
npm run http
可用端点：
- /search?q=乳酸&limit=20
-
-
-
-
如果你要发布新版本：
1. 登录 npm（首次）：
`bash`
npm login
2. 更新版本号：
`bash`
npm version patch # 0.1.0 -> 0.1.1或
npm version minor # 0.1.0 -> 0.2.0或
npm version major # 0.1.0 -> 1.0.0
3. 发布：
`bash`
npm publish
发布后，用户就可以通过 npx aptamer-mcp-server` 使用最新版本。
MIT